Восстание против Глинских
Убийства, интриги и насилия, окружавшие его, способствовали развитию в нем подозрительности, мстительности и жестокости. Склонность мучить живые существа проявлялась у Ивана уже в детстве, и приближенные одобряли ее. Одним из сильных впечатлений царя в юности были "великий пожар" и Московское восстание 1547 года. Наибольшее опустошение произвел пожар 21 июня 1547 года, продолжавшийся 10 часов. Выгорела основная территория Москвы, сгорело 25 тысяч домов, погибло около 3 тысяч человек. В бедствиях обвинили стоящих у власти Глинских. По городу разошелся слух, что бабка царя Анна Глинская, оборотясь птицей, летала по городу, "вымала сердца человеческие да клала в воду, та тою водою, ездячи по Москве, да кропила", от чего и был пожар.   
Митрополит Макарий
Другой слух, подогревший страсти, - о походе на Русь крымского хана. Царь с двором вынужден был уехать в подмосковное село Воробьево, Глинские - Михаил и Анна - бежать в подмосковные монастыри. Открытое восстание началось 26 июня. После вечевого сбора горожане двинулись в Кремль и потребовали выдачи Глинских, Были разгромлены их дворы, убит один из Глинских - Юрий.
    27-28 июня Москва по сути находилась в руках посадских людей, которые, возможно, "пытались даже создать какое-то свое управление городом" (Н.Е.Носов). 29 июня после убийства одного из Глинских, родственника царя, бунтовщики явились в село Воробьево, где укрылся великий князь, и потребовали выдачи остальных Глинских. "Вниде страх в душу мою и трепет в кости мои и смирился дух мой", - вспоминал позже царь. Большого труда ему стоило убедить народ разойтись. Ряд выступлений в это же время произошел в некоторых других городах - причиной был неурожай, повышение налогов и злоупотребления администрации.
    Едва опасность миновала, царь приказал арестовать главных заговорщиков и казнить их. Излюбленной идеей царя, осознанной уже в юности, стала мысль о неограниченной самодержавной власти. Однако выступления 1547 года не нарушили объективного хода событий последних десятилетий. Они лишь подчеркнули необходимость дальнейших преобразований. После ряда новых начинаний рубежа XV-XVI веков и продолжения их в 30-40-х годах XVI века страна была подготовлена к проведению более масштабных реформ.