Борьба с Лжедмитрием II
Выступление Болотникова вначале было поддержано дворянскими предводителями Истомой Пашковым и Прокопием Ляпуновым, но во время осады Москвы они перешли на сторону царя, тем самым предопределив разгром Болотникова у подмосковной деревни Котлы в декабре 1606. В октябре 1607 после отступления Болотникова восстание было окончательно разгромлено. Шуйский почувствовал себя увереннее. Но еще в августе 1607 начался новый польский поход уже Лжедмитрия II, который весной 1608 осадил Москву, разбив лагерь в подмосковном Тушине.

Шуйский, пытаясь противостоять «тушинскому вору», заключил в феврале 1608 договор со Швецией, по которому шведские войска обязались выступить на стороне русского царя, за что шведам отходила часть русских территорий. Это, естественно, вызвало недовольство среди самых широких слоев населения Русского государства. В конце 1608 началось стихийное народное выступление против польских интервентов. Положение Шуйского стало весьма уязвимым, только благодаря своему племяннику М. В. Скопину-Шуйскому, командующему русско-шведскими войсками, царю удалось дать отпор полякам. К марту 1610 Москва была освобождена, тушинцы повержены, Лжедмитрий бежал.